本局表示，營利事業如有取得證券、期貨交易所得或合於獎勵規定之各項免稅所得時，應依所得基本稅額條例之相關規定計算、申報及繳納所得基本稅額。
本局說明，轄區內甲公司98年度營利事業所得稅結算申報，經調帳查核後發現，甲公司98年度帳載出售國內上市股票，本局查獲未依規定計算及申報基本所得稅額，核定補徵基本稅額及處罰鍰。甲公司不服，訴經臺北高等行政法院判決意旨略以，甲公司係經營投資有價證券業，98年度出售國內上市股票，取有所得基本稅額條例第7條第1項第1款規定之證券交易所得，甲公司雖已辦理98年度營利事業所稅結算申報，惟未填寫營利事業所得基本稅額申報表，即勾選非本申報表適用對象，甲公司確有未依規定計算及申報基本所得稅額之情事；次查得甲公司98年度營利事業所得稅結算申報帳載結算金額欄，並未確實填報系爭相關科目。
是以，甲公司98年度既有出售資產（證券）增益，該項收益雖屬行為時所得稅法第4條之1規定停徵所得稅之所得額，惟依前揭規定，該項收益係屬所得基本稅額條例應課稅之所得額，甲公司於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，未依規定申報，造成漏報基本所得額及基本稅額與一般所得稅額之差額的結果，足認甲公司之違章行為明確，並依同法第15第2項規定裁處罰鍰，乃判決甲公司敗訴。
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